- Graphentheorie, formale Grammatiken, Struktur-Funktions-Modelle von Pflanzen, Simulation,
Upscaling, Strömungsmodellierung

Modell eines Apfelbaumastes mit Früchten: Wasser- und Zuckerflüsse in Xylem und Phloem, Wasser- und Zuckerbeladung der Früchte, Blattranspiration, Strahlungs- und Kohlendioxidaufnahme durch die Blätter, Photosynthesemodell (G. Buck-Sorlin).

Simulation der Wasser-Unterdruck-Verteilung in einer Modellpflanze (in Blau-Stufen)
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- Johannes Merklein, M. Poirier-Pocovi, G. Buck-Sorlin, W. Kurth, Q. Long (2018): A dynamic model of xylem and phloem flux in an apple branch. IEEE Proceedings of the 6th IEEE International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 4-8, 2018 Hefei/China (accepted).
- Johannes Merklein (2014): Modellierung turbulenter Strömungen mit Anwendungsfällen in der Bioklimatologie und Astrophysik. (Dissertation)
- Johannes Merklein, Jelka Braden, Claus Döring, Oleg Panferov (2013): Ermittlung des künftigen Sturmrisikos für Waldökosysteme im Solling, Niedersachsen. (Turbulenz- und Windfeld-Berechnungen in 3D-Gelände mit Vegetation. Vortrag bei der KLIFF-Tagung im September 2013 in Göttingen)
- Iapichino, L.; Schmidt, W.; Niemeyer, J.C.; Merklein, J. (2011): Turbulence production and turbulent pressure support in the intergalactic medium, MNRAS (Monthly Notices of the Royal Astronomical Society),05.04.2011, DOI: 10.1111/j.1365-2966.2011.18550.x
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