Das FZW ist das einzige waldbezogene Ökosystemforschungszentrum in Deutschland mit Global Change-Ausrichtung und Nutzungsbezug. Es betreibt und koordiniert Forschungsprojekte zur Untersuchung von Waldökosystemen, zu ihrer Begründung und Erneuerung, zu den Wechselwirkungen zwischen Waldökosystemen und ihrer Umgebung einschließlich des globalen Klimawandels, sowie zur ökonomischen Bewertung ökologischer Sachverhalte. Das Forschungszentrum ist eine gemeinsame wissenschaftliche Einrichtung von drei Fakultäten (Forstwissenschaften und Waldökologie, Biologie, Geowissenschaften) und 12 Abteilungen der Universität Göttingen.

Durch die Unterhaltung von ca. 40 Jahre alten Dauerversuchsflächen (Solling, Harz, Göttinger Wald) und dazugehörigen meteorologischen Messtürmen mit kontinuierlicher Datenerfassung sowie der Beteiligung des seit 20 Jahren durchgeführten „Dachexperiment im Solling“ stehen dem Zentrum einzigartige Datensätze und Messreihen zur Verfügung, die weltweit einmalig sind und einen unschätzbaren wissenschaftlichen Wert darstellen.
Derzeit betreut das FZW mehrere Drittmittel finanzierte Projekte (BMBF, DFG, EU, DBU, FNR, Land Niedersachsen), an denen sowohl Abteilungen der Universität, als auch außeruniversitäre Kooperationspartner wie die Nordwestdeutsche Forstliche Versuchsanstalt (NW-FVA) und das Johann-Heinrich von Thünen-Institut (vTI) beteiligt sind.