Als die klassische bildgebende Untersuchungsmethode in der Holzforschung ermöglicht die Mikroskopie detailreiche Bilder mit einer hohen Vergrößerung. Das Anwendungsspektrum der Mikroskopie ist dabei sehr breit aufgestellt und umfasst in der Abteilung Holzbiologie und Holzprodukte u. a. die fluoreszenzmikroskopische Untersuchung des Flüssigkeitstransports von Schutzmitteln im Holz, der Nachweis von Holzabbau durch Pilze sowie topographische Untersuchung der Oberflächenbeschaffenheit von Materialien. Neben der Lichtmikroskopie mit den (Fluorenzmikroskopie, Digitalmikroskopie und Laser-Scanning-Mikroskopie) kommt ebenfalls die Rasterelektronenmikroskopie zum Einsatz.

Die röntgenstrahlenbasierte Mikro-Computertomographie (Mikro-CT) ermöglicht die zerstörungsfreie und dreidimensionale (3D) Charakterisierung der komplexen Struktur von holzbasierten Materialien. Die Möglichkeit der visuellen und quantitativen Untersuchung von morphologischen Strukturgegebenheiten des Holzes in 3D eröffnet so neue Perspektiven und Ansätze für die Forschung mit und an Holz. Die Mikro-CT kommt überall da zum Einsatz, wo die klassische Mikroskopie nicht mehr zielführend einsatzbar ist und wo 3D-Analysen (z. B. Porositätsmessungen) erforderlich wird. Mikro-CT-Daten ermöglich es zudem 3D-Modelle von Strukturen/Objekten mit einem 3D-Drucker zu drucken.